IndexOptions ディレクティブのSuppressHTMLPreamble オプションを有効にし、 HeaderName ディレクティブと ReadmeName ディレクティブで任意のファイルを指定すればよい。
こうすれば html5 で当該ページを表示でき、さらに jQueryを用いれば Twitter Bootstrap を利用できる。試しにそうしてみたのが以下のページだ。
なお、HTMLTable オプションとFancyIndexingオプションを利用してディレクトリの内容を表形式で表示すると見栄えがよくなるだろうが、Apache のバージョンによっては利用できない。当方の Apache はバージョンが2.以上ではないので、この制限に抵触してしまった。残念なことである。