公式のマニュアルではScanSnap カタログ・資料 : 富士通の「 S1500/S1500M オペレーターガイド」p.450-に記載されている。
清掃と消耗品の交換を一度に行う場合、少々値は張るが、ScanAidという「消耗品/清掃用品キット」(パッケージに記載されている説明文より)を利用してはどうだろうか。

富士通 ScanAid (S1500シリーズ用) FI-611SA
- 出版社/メーカー: 富士通
- 発売日: 2011/04/15
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このScanAidに含まれている消耗品二点については、ScanSnap S1500 製品情報 : 富士通によると単体で購入すれば合計で8,000円を上回る。清掃用品を他の品で代用しようという人は、消耗品のみを購入してもよいだろう。

富士通 パッドユニット (S1500シリーズ用) FI-C611P
- 出版社/メーカー: 富士通
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富士通 ピックローラユニット (S1500シリーズ用) FI-C611PR
- 出版社/メーカー: 富士通
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インターネット上にある清掃方法のヒントとしてはつぎのようなものがある。
- 誠 Biz.ID:電子書籍「自炊」完全マニュアル:動画と写真で確認する――裁断&スキャンのコツ(後処理編) (1/2)
- ScanSnap S1500/S1500Mのご質問 回答(その他) : 富士通:読み取った画像に原稿にはない線やドットが入ります。
- ASCII.jp:ドキュメントスキャナをメンテナンス・パワーアップする技|柳谷智宣の「真似したくなるPC活用術」
上記の「オペレーターガイド」p.453によると1,000枚の原稿を読み取る毎に清掃すべきとのことであるから、10冊前後をスキャンする度に清掃するとよい。