表題のとおりの報告を受けた*1。このように判定されるようになってしまった原因は不明である。なお、私が使用しているウイルス対策ソフトウェア「カスペルスキー インターネット セキュリティ 2012」では、最新版の DvorakJ をマルウェアとは判定していない。
もしかしたら、DvorakJ をAutoHotkey 用スクリプトとして実行すれば、Avast! は DvorakJ をマルウェアとして認識しないかもしれない。DvorakJ を AutoHotkey 用スクリプトとして動作させる手順を以下のページにまとめたので、参考にしてほしい。
追記：20日夜の時点ではマルウェアと判定されなくなったとのことである。
さらに追記：テンキーをカスタマイズするソフトウェア "dresskey" の作者が AutoHotkey と Avast!を同時に動作させた際の挙動についてまとめている。