Microsoft WordではDvorakJが正常に動作しない

なぜかというと、AutoHotkeyがIMEの状態をうまく取得できないから。Internet Explorerでも同様のことが起きるかもしれません。この症状については、以下のウェブページでも説明されています。

• sadat-studio.net - 感動！ソフトウェア紹介 : 【AutoHotKey】IME制御 by sadat

とはいえ、Dvorak配列への切り替えはできます。ですから、素のDvorak配列を使用して日本語入力をするのであれば、問題ありません。
この件をREADMEに追記しておきます。